對軟組織病變常見的檢查方法是核磁共振檢查。臨床上每種檢查器械、每種檢查的工具所針對的目標和重點不同，比如常用的X光片，針對骨骼的檢查比較敏感。除X光片外還有CT，主要是針對骨骼、內臟組織檢查，尤其是骨骼組織的檢查。但是如果是對軟組織進行檢查，比如需要觀察膝關節內有無囊腫、膝關節半月板有無損傷、膝關節韌帶有無損傷，或者想明確大腿中有無腫瘤，大腿的血管、肌肉是否正常，又或者想明確囊腫的內容物，都屬于軟組織的檢查，需要用核磁共振進行檢查。此外，有時患者可能會因為某些特殊原因導致無法做核磁共振，但又需要檢查軟組織，也可以借助CT進行粗略觀察。同時也可以用B超對囊性病變進行簡單檢查，比如腎臟、肝臟的囊性病變，還有膀胱、輸尿管、子宮、卵巢等。