通常換眼角膜后可以使用終生，即大部分情況下，角膜植片是可以終身保持透明以及存活。因為角膜沒有血管，處于免疫赦免地位，在術后不會發生免疫排斥反應，或者免疫排斥反應的發生幾率較低。但在特殊情況下，如嚴重的酸堿燒傷、濃硫酸燒傷或石灰的角膜減燒傷，以及發生較為嚴重的角膜潰瘍，如蠶蝕性的角膜潰瘍，術后可能發生嚴重的排斥反應。如果角膜邊緣的血管網發生嚴重的排斥反應，角膜植片迅速溶解，通常進行1次角膜移植無法成功，可能需要多次移植。部分嚴重堿燒傷的病人，角膜完全溶解后進行4次角膜移植才移植成功，此時角膜才能長期存活，可被終生使用。在免疫排斥反應發生嚴重時，需應用抗免疫藥物，免疫抑制劑，如他克莫司滴眼液、激素的眼藥等抗排斥反應治療。