狹顱癥不一定是先天性，因為狹顱癥分類有兩種，綜合征型的顱縫早閉和非綜合征性的顱縫早閉。綜合型的顱縫早閉占的比例較少大概5%，只有這類的顱縫早閉可能有基因突變，常染色體顯性遺傳的突變，可能有一定的遺傳性。但是總體來說，絕大部分的顱縫早閉屬于散發。狹顱癥病因中最常見的基因突變，是成纖維細胞生長因子受體突變，而導致成骨異常出現顱縫過早融合。其他綜合征型的顱縫早閉，除顱縫早閉、頭顱畸形異常，還會合并其他臟器的異常，甚至影響面部、鼻咽部以及整個顱底其他臟器的異常。