身材矮小有很多原因，可能有的家長認為身高總是能夠長得起來，但其實有些矮小并不是晚長的類型。總體而言，可能有內分泌疾病導致的矮小，也有非內分泌疾病導致的矮小，其中內分泌疾病導致的矮小生長激素缺乏是主要原因，還有甲狀腺激素以及性腺激素的缺乏也會影響到身高增長的速度。所以可以看到某甲狀腺功能減退的病人、先天性染色體異常導致性腺功能減退的患者，也會出現身高增長的不足以及身材矮小。 涉及到生長激素分泌異常，包括下丘腦、垂體性疾病，包括肝臟疾病，都可能會影響到生長激素軸的功能。此外，有很多慢性疾病以及心理性疾病、不同營養狀態的疾病也會影響到激素分泌。如果是非內分泌疾病的情況，包括家族性矮小、特發性矮小，這些矮小也會影響最終身高不足。