白血病骨髓移植后復發是影響骨髓移植療效的重要因素，嚴重影響病人的生存時間。白血病復發原因很復雜、很多，主要與骨髓移植時白血病細胞惡性程度有關。化療后壞的細胞清除是否干凈也是移植后復發的因素。骨髓移植后白血病復發治療相當困難，所以移植后聽從醫生囑托、按時服用藥物、按時門診復查，醫生根據檢查的結果調整藥物的劑量、根據病人實際情況告訴下一步注意事項。預防復發最重要，密切監測可以發現早期復發的征象，早期減低抗排斥反應的藥物，應用化療藥物以及供者淋巴細胞輸注等都可以糾正早期復發。 一旦出現骨髓全面復發后，首先用化療或者細胞免疫治療達到緩解狀態，有條件再做二次移植。如果骨髓移植后白血病復發，再次誘導緩解率，在急性淋巴細胞白血病只有50%左右，而急性髓性白血病可能還要低，進行第二次骨髓移植治療的病人中，長期無病生存率在10%左右。