絕大多數腎結石的原因都不是清楚，目前所說的都是相關高危因素，如喝水少、水質差，即常說水質偏硬等，這些情況只是高危因素，也有是明確病因的腎結石，有可能有先天性疾病，如高尿酸血癥，另外還有梗阻引起的腎結石，如有些患者可能是因為腎積水同時繼發腎結石。根據病因不一樣，所采取的治療方式不一樣。有明確病因如腎積水，高尿酸血癥的患者，代謝障礙引起的腎結石，必須根據病因進行治療。 腎積水繼發引起腎結石，這種情況不能單純治療結石，要把積水原因解除進行治療，比較常見的是因為其它特發因素引起的腎結石，最常見，絕大多數患者都是偶然體檢發現腎結石，對于這類原因引起的腎結石，根據不同情況采取不同治療，根據結石大小、位置以及病人有沒有癥狀等情況，綜合判斷患者是否需要進一步治療。