止痛泵的危害和副作用主要表現為機體對止痛泵里的藥物敏感，比如止痛泵會有嗎啡類藥物。如果病人對嗎啡比較敏感，會產生惡心、嘔吐，甚至過度鎮靜、嗜睡、昏迷。嗎啡類藥物有呼吸抑制的功能，所以病人可能在使用止痛泵過程中造成呼吸抑制，而并發嚴重的呼吸衰竭。有些病人可能對止痛泵不太敏感，使用止痛泵后鎮痛不完善，沒有達到預期效果，也是止痛泵常見的副反應。止痛泵輸注區可能對組織會有輕度刺激。總體而言止痛泵的危害較小，尤其是止痛泵通常是在醫生、護士嚴密監測下使用，所以止痛泵的危害對機體較小。