宮頸癌疫苗和多數其它疫苗類似，副反應較為輕微，注射部位即前臂三角肌部位可能會出現疼痛、紅腫、瘙癢等反應；部分人群會出現全身癥狀，例如頭暈、頭痛、發熱，也有人會感覺輕微眩暈、惡心。整體而言安全性較好，但極少數患者可能會出現嚴重過敏反應或出現神經毒性等。 建議患者在接種宮頸癌疫苗后在醫院內觀察15-30分鐘，觀察有無明顯毒副反應發生，如果沒有不良反應可以回家，部分輕微副反應在幾天內會自行緩解。