系膜增生性腎炎的治療需要根據其他臨床表現以及病理表現來制定，因為系膜增生性腎炎并不是單獨的病理診斷。很多病理類型都可以表現為系膜增生，例如IgA腎病、膜性腎病、局灶節段硬化性腎病和膜增殖性腎病等。所以系膜增生性腎炎的治療需要根據其他的表現來制定，如果表現比較輕，可以不采用免疫抑制劑，而是對癥治療。例如微小病變或者早期的膜性腎病，只需要應用血管緊張素轉化酶抑制劑、血管緊張素受體拮抗劑，或者某些中成類的藥物來進行治療，如百令膠囊、腎炎康復片、金水寶等。如果伴有其他的病理類型，而且比較嚴重，例如3-4期的膜性腎病，或者盡管是1-2期的膜性腎病，但蛋白尿＞8g/24小時。或者膜性增生性腎病、局灶節段性硬化腎病，這個時候必須采用免疫抑制劑來進行治療。單獨應用1種免疫制劑可能效果不好，還需要加用第2種免疫制劑，同時采用血管緊張素轉化酶抑制劑或者血管緊張素受體拮抗劑，以及某些剛才所說的中成類藥物來共同治療，才能達到治療的目的。