現在唇腭裂主張唇腭裂序列治療，所以唇腭裂并不是一次性手術。一般來講，從出生開始到治療結束需要18年，有3次必須要做的手術，還有3次附加手術。第一次手術是唇裂修復術，一般在出生后3-6個月完成手術。第二次必須手術是腭裂修復手術，腭裂修復手術現在通用的時間是8-18個月，即在1歲左右完成腭裂修復手術。而牙槽突裂植骨一般在9-11歲完成，現在也有學者支持在7-9歲進行牙槽突裂植骨手術。 另外，還有3次附加手術，包括腭裂術后咽成型手術，只有發現腭裂一期手術沒有實現最初的治療目標，也就是患兒仍然不能夠有正常的語音，而且由于咽閉合不全所導致。一般在4-5歲進行咽成型手術，如果鼻唇繼發畸形需要二次手術，一般至少在一期手術之后半年實施。還有由于唇腭裂以及相關的外科治療導致上頜骨發育不足，采用正頜外科手術進行治療，一般在18歲以后實施。