自然流產發生的原因較多，常見原因有以下幾種：1、胚胎染色體因素：占所有自然流產的原因50%左右，并且流產的時間越早，胚胎本身的問題越大。最常見的問題是染色體數目異常，比如16-三體綜合征，還有單倍體的可能性；2、內分泌因素：比較常見的原因，如黃體功能不全、高泌乳素血癥、多囊卵巢綜合征、甲狀腺功能亢進癥、甲狀腺功能減退都可能導致自然流產的發生；3、免疫因素：比較常見的原因，抗磷脂綜合征以及自身免疫性疾病，比如紅斑狼瘡、未分化結締組織病、都有可能導致自然流產發生，自身抗體是導致自然流產發生的原因；4、解剖學因素：比如縱隔子宮是導致早期自然流產最常見的解剖學問題。單角子宮、雙角子宮、宮腔粘連、黏膜下肌瘤、內膜息肉也可能導致流產的發生，宮頸機能不全會導致懷孕十幾周的中期流產的發生；5、環境學因素：比如放射線、重金屬的接觸，部分藥物，比如海洛因，還有酗酒、吸煙都可能導致自然流產的發生。因此自然流產的發生的原因比較多，需要到醫院做全面的檢查之后才可能發現，但以上并不是全部原因，大概有40%的自然流產找不到具體原因。