隱睪手術最需要關注的后遺癥為不育問題。睪丸為生育重要器官，隱睪小兒通常睪丸發育相對較差，而且睪丸在腹股溝管甚至腹腔內，導致生殖細胞在一定程度受到影響，需要盡早進行手術。患者最佳手術年齡為6個月到1歲，這個年齡段手術可以將生殖細胞受損風險降到最低。 如果超過這個年齡進行手術，需要關注術后后遺癥情況。如青春期后睪丸是否發育好、大小是否正常、回聲是否均勻，與對側比是否相差較大。患者成年之后要監測精子質量、精子數量，結婚之后要檢測生育功能問題。隱睪術后后遺癥概率較低，但是需要隱睪小兒家長特別關注。