臨床上的復雜肛瘺，或者是高位肛瘺、特殊病因的肛瘺，治療起來相對困難。肛瘺在臨床上非常常見，通常可以把肛瘺，分為普通肛瘺和特殊病因的肛瘺。普通肛瘺是肛竇炎、肛旁線的炎癥，引起肛周膿腫破潰以后形成肛瘺。而特殊病因的肛瘺，比如肛周的結核，可以引起肛周感染形成肛瘺，以及肛門周圍的這種克羅恩病，是一種免疫性的疾病，也可以引起肛門周圍的感染，形成肛瘺。通常特殊病因的這種肛瘺，治療起來相對更困難，需要先治療原發病，然后再針對肛瘺進行治療。而單純的普通肛瘺，又可以分為，低位肛瘺和高位肛瘺，低位肛瘺是沒有瘺管的，沒有涉及到括約肌的深部和恥骨直腸肌，這時候單純的瘺管切開，就可以治愈，因為不涉及到括約肌深部，和恥骨直腸肌，所以這時候不容易引起肛門失禁。而高位肛瘺因為涉及到了肛門括約肌的深部，和恥骨直腸肌，所以這時候需要給患者掛線治療，即瘺管通過肌肉的部分，要掛一個橡皮筋，讓肛門括約肌被慢慢切斷，這時候不至于引起肛門失禁。另外肛瘺還有多個內口和外口的復雜肛瘺，那么這種情況需要認真去尋找瘺管和瘺口，如果要是沒有把瘺管完全打開，也很容易復發，因此也比較難治療。