白血病患者骨髓移植后大約30%-40%的病人會出現不同程度的排異反應，術語稱為移植物抗宿主病。病人體內恢復免疫系統來自于供者，對新的免疫系統來講，病人全身的臟器都不是這套免疫系統的自己人，所以新的免疫系統會進行攻擊，整個過程稱為排異反應。供受者是親屬關系，排異反應會弱，如果是非親屬、非血緣，則反應會稍微重。 排異反應表現最常見是發熱、皮疹、皮膚黏膜發黃、肝功能異常，腹瀉等，也可以見到血細胞減少、黃疸、尿頻、尿痛、血尿，感染等。白血病骨髓移植后，最希望見到輕度的排異反應，可以通過免疫系統的激活，幫助清除體內殘存壞的細胞而達到治愈的目的。但嚴重排斥反應會威脅到生命。如果出現嚴重排斥反應時，醫生會高度重視、積極處理，保證移植過程順利進行。