肥兒丸的主要成分是神曲、黃連、使君子、炒麥芽、肉豆蔻、檳榔、木香等，主要作用是清熱殺蟲、消食化積、溫脾止瀉，臨床主要用來治療由于腸道寄生蟲引起的疳癥，臨床可以表現為面黃肌瘦、腹脹、便溏、發熱、口臭。小兒疳積主要是由于脾氣虛弱、脾失健運出現消化不良引起發熱，寄生蟲在腸道日久容易形成疳癥。如果出現這種情況，治療時主要是以殺蟲、消食為主要的治療方法。肥兒丸方里有使君子，使君子主要有殺蟲的作用，同時檳榔、神曲、麥芽可以消積、化食，木香、肉豆蔻可以溫脾止瀉。另外還加黃連，黃連和使君子配伍可以清熱、去蟲，所以肥兒丸主要適合殺蟲，即腸道寄生蟲引起的疳癥。雖然叫做肥兒丸，但是從肥兒丸的成分來看，主要是消食化積、清熱殺蟲，不屬于補益藥，所以肥兒丸不能長期服用。