若想要診斷尖銳濕疣，則臨床醫生的個人經驗以及患者的個人性接觸病史較為重要，如患者存在典型的尖銳濕疣且明確存在不潔性接觸史，則可直接判斷。但尖銳濕疣的皮損可能與其它疾病相混淆，此時可以通過輔助手段，如在尖銳濕疣部位取材進行基因檢測，即人乳頭瘤病毒PCR，以明確是否存在病毒，但可能會存在假陰性或假陽性的問題。若患者想要明確診斷，可以進行局部皮膚病理檢查，將局部皮膚切下并放在顯微鏡下，可明確是否存在尖銳濕疣的特征性病理改變。同時患者也可通過醋白試驗進行檢測，將冰醋酸局部濕敷在皮損部位，在數分鐘后觀察是否已經發生白顏色的改變，但此方法可能存在假陽性的問題。