急性腎盂腎炎應盡早使用抗生素進行抗感染治療，盡可能使用抗生素之前留取尿液標本進行尿培養檢測，以提高尿培養化驗陽性率，明確感染細菌種類后可以根據藥敏結果選用敏感抗生素進行治療。膀胱刺激癥狀明顯的患兒可以使用碳酸氫鈉堿化尿液。急性腎盂腎炎患兒大多全身癥狀較明顯，可以出現高熱、納差，此時需要多飲水、給予易消化的清淡飲食、勤排尿，并注意監測體溫，適時口服退熱藥防止高熱驚厥。 反復發生急性腎盂腎炎的兒童需要進行泌尿系B超、排泄性膀胱尿路造影、核素掃描，以排除先天性泌尿系畸形，同時估計腎損害進展情況。如果存在膀胱輸尿管反流等高危因素，需要預防性使用抗生素治療，必要時進行手術治療。