慢性咳嗽常見為咳嗽變異性哮喘，雖然患者表現為咳嗽，但本質是哮喘的特殊類型。對于上述患者的治療需按哮喘處理，即吸入糖皮質激素合并長效β受體激動劑。咳嗽變異性哮喘與傳統的哮喘相比，多數患者的用藥時間相對較短。對于胃食管反流導致的慢性咳嗽，患者經常會出現反酸、噯氣、打嗝、燒心等感覺。此類患者需到消化科進行胃鏡來協助診斷，甚至檢測食管中pH值高低。明確診斷后，患者可以應用奧美拉唑等質子泵抑制劑及嗎丁啉等胃動力藥進行治療。若患者存在鼻后滴漏即上氣道咳嗽綜合征，也需對癥處理，可使用抗組胺藥進行治療。