治療霉菌性陰道炎最有效的藥物，為克霉唑類藥物，如克霉唑陰道膨脹栓，還有凱妮汀(克霉唑陰道片)和制霉菌素，口服的藥物有氟康唑。在經期、有霉菌性陰道炎的感染，以及沒有性生活的女性用口服藥物治療。已婚、有性生活、陰道感染癥狀較嚴重女性，可以陰道局部上藥。治療霉菌性陰道炎的藥物較有效，治療針對性也較強，但是霉菌性陰道炎容易復發。霉菌性陰道炎的用藥是周期性治療，發現霉菌性陰道炎復發時，用藥1周左右就能治愈，但1個月后還要重復用藥，不用查陰道炎、霉菌性陰道炎是否復發，不復發也要重復性給藥，反復給3-6個月的藥才能徹底治愈。