通常宮腔鏡探查術同時進行清宮，對子宮的傷害較小。因為在宮腔鏡直視下，子宮內膜何處有增厚、息肉、息肉樣增生，可以看清，從而在直視下，有針對性地對上述病變進行處理。在宮腔鏡誕生前，清宮均為盲刮，是依靠醫生刮宮的感覺進行搔刮，對子宮內膜的傷害較大。因為有可能對正常的子宮內膜部位也進行清宮處理，所以宮腔鏡直視下清宮對子宮的傷害比盲刮小。在宮腔鏡手術的過程中也會有副作用，因為在做宮腔鏡手術的過程中需要用水對宮腔進行膨脹，用生理鹽水充滿宮腔，以保證宮腔鏡的直視作用。在膨宮的過程中，由于手術時間較長、水的壓力較大等，進入到母體的血液循環，從而導致水中毒，形成肺水腫或心衰等嚴重并發癥。因此建議到有宮腔鏡手術經驗的醫院或隸屬醫院進行宮腔鏡清宮手術，以盡量避免術中不必要的損傷。