瞼結膜炎要用抗菌素的滴眼液，代表藥有妥布霉素滴眼液、夫西地酸滴眼液，抗病毒的眼藥水，代表藥是更昔洛韋眼用凝膠。針對病原體使用眼藥水后，還可以使用眼表修復劑，如堿性成纖維細胞生長因子滴眼液、表皮細胞生長因子滴眼液以修復結膜上皮細胞，促進上皮細胞增殖，完整、恢復結膜上皮細胞的屏障，減少感染、緩解癥狀。瞼結膜炎包括眼瞼和結膜兩個部位的炎癥，眼瞼皮膚的炎癥推薦使用眼藥膏，如妥布霉素眼用凝膠、左氧氟沙星眼用凝膠。這些眼藥不但可以滴到眼睛表面，而且可以外敷到眼瞼的皮膚上。但需注意眼藥膏在使用時，在眼瞼皮膚上和滴用眼睛內的藥膏需分開，即要使用兩支眼藥膏。不能同時一支眼藥膏既用到皮膚上，又用到眼睛內。分開使用主要是為防止，眼瞼皮膚上的細菌和微生物帶到眼睛內，造成眼睛表面二次感染。