性別認知障礙是一種心理問題，稱為性別錯位癥，指一個人在心理上無法認同自己的生理性別，并為此產生的一系列錯位癥狀。性別認同是一個人對自己生理性性別的自然認識，如果兒童從幼兒園起不能及時完成性別認同，在日后會出現不同程度的性別偏差行為，從而影響各方面的發育，甚至會影響自身的身心健康。 比如患者本身是男孩子，一直認為自己是女孩子，頭發要扎辮子，衣服要穿花衣服，這種屬于在生理上沒有認同自己的性別，長大后可能會做變性手術。這種性別認知障礙和泰國人妖不同，人妖是男孩使用激素把自己變為女孩。而性別認知障礙指本身是女性，把自己當成男性，或本身是男性，把自己當成女性。 還有一種情況是家里人將女孩當成男孩養，這種情況不同于性別認知障礙，是將女性的性格男性化，使得女孩性格變得大大咧咧，外向陽剛，而有的男孩性格卻像女孩一樣。這些是家庭環境所帶來的影響，與性別認知障礙不同。