乙型肝炎肝硬化失代償期時會出現肝硬化的相關并發癥，但是對于乙肝肝硬化的失代償期的治療，首先要強調病毒治療。目前對乙肝肝硬化失代償期的患者，只要表面抗原是陽性，不管乙肝病毒定量檢測的結果，也不管轉氨酶水平，都需要給予患者抗病毒治療。抗病毒藥物選擇上建議首選藥物恩替卡韋和替諾福韋酯劑，在抗病毒治療的基礎之上，有一部分患者可以選擇抗纖維化的治療。 除此之外，如果患者有腹水，可能需要利尿，或者是用其它治療腹水的方法處理腹水。如果患者腹腔有細菌感染，可能需要應用抗菌藥物進行治療。如果患者是有食管-胃底靜脈曲張破裂出血，要給予止血、降低門脈壓力的藥物治療。如果是肝性腦病的患者，可能要注意保持大便通暢，同時給予肝性腦病的藥物治療。 所以失代償期肝硬化患者的治療，是在抗病毒治療的基礎之上，針對并發癥給予的系統的治療。