甲狀腺功能亢進癥是在懷孕3個月內最容易導致流產的因素，不同的妊娠期合并癥或并發癥以及由于外界感染等因素，可導致懷孕3個月內流產。懷孕3個月后胎兒已經成型，胎兒種植已比較可靠，所以發生流產風險較小，而有些有害因素，包括弓形蟲、巨細胞病毒、單純皰疹病毒和風疹病毒感染等造成胎兒異常或畸形，也會在懷孕3個月內發生流產。如果并非是出生時染色體異常的唐氏兒，當胎兒染色體發生異常時，大多數會在懷孕3個月內流產。甲狀腺功能亢進癥的患者并非都會流產，但是甲狀腺功能亢進癥抗體會通過胎盤影響胎兒，如果導致胎兒甲狀腺功能亢進，或導致胎兒甲狀腺功能減退，可能會導致胚胎生長發育不良、胚胎停育或自然流產。所以通常建議甲狀腺功能亢進癥患者將甲亢治愈后，停藥半年以上再懷孕較安全。