作為整形手術，全耳再造談不上危害，但作為比較復雜手術，有一定并發癥。較明顯并發癥是在取材和做手術部位會有瘢痕，通過整形技術和防止瘢痕方法可以使瘢痕不明顯。但只要是手術，仍會有瘢痕風險存在。另外全耳再造需通過2-3次手術完成，且2-3次手術中至少有一次為全麻手術，所以有全麻手術風險。如果全耳再造做出來的耳廓遠期發生碰撞、外傷、感染，可能會出現遠期變形。因為再造耳廓和天生耳廓相比較嬌氣，所以護理不好情況下，有可能會合并出現手術遠期感染。