肝結核最好的確診方式是肝臟部位做穿刺活檢，肝結核的臨床診斷難度較大，因為有時臨床表現并不典型，一般是在做進一步檢查時，比如肝超聲檢查、CT檢查，發現肝內有異常回聲或者異常占位，然后根據占位所在位置，在B超引導或CT引導下做穿刺活檢。接著將活檢組織取出，在顯微鏡下做病理檢查和細菌學檢查。此時如果在穿刺標本組織中看到典型的結核改變，以及抗酸桿菌陽性，此為確診指標。近些年可以通過分子生物學檢測，檢測出結核的特異性基因，這些都是相對有確診意義的檢測手段。