一般甲硝唑片治療腸道內和腸道外疾病，阿米巴病比如阿米巴肝膿腫、胸膜阿米巴病等。一般在臨床上用于治療婦科、消化科、呼吸科、皮膚科等疾病。婦科大部分見于陰道炎，以及廣泛性的厭氧菌感染。一般消化科大部分見于感染性腹瀉、慢性潰瘍性結腸炎、偽膜性腸炎、消化性潰瘍。呼吸道疾病多見于雙肺肺炎、支氣管擴張等。皮膚科病如銀屑病，另外還有腸道寄生蟲病患者，蛔蟲病、疥瘡、痔瘡出血、急性皮疹、腳癬等。 用藥時注意哺乳期婦女和妊娠期3個月以內的婦女不建議用。患有神經性疾病和血液病時也是禁用的。在口服藥時一般容易出現運動失調和其他中樞神經系統的臨床表現，應用時也特別要慎重。應用甲硝唑片時，有時有些病人可以出現頭疼、失眠、惡心、嘔吐、食欲不振，甚至有的人白細胞減少、膀胱炎等。這時建議病人停用，停用以后一般以上陽性體征會很快得到恢復。