雖然經過母親積極的抗病毒治療，使HIV感染新生兒的母嬰傳播概率大幅度下降，但是還是不可避免的有新生兒受到艾滋病毒感染。如果嬰兒確診感染艾滋病，要及早進行抗病毒治療。以前的觀點是對于病毒載量陽性的還需要參考CD4、CD8水平等，參考其它指標。現在抗病毒治療的理念在不斷更新，如果病毒核酸陽性，則越早進行抗病毒治療，病人預后就更好，發生各種并發癥的概率就會更小。 所以新生兒、嬰幼兒一旦確診感染HIV病毒，要及早進行抗病毒治療，在醫生指導下，使用口服抗病毒藥物。