尿道下裂術后傷口感染，可出現傷口紅腫、流膿。陰莖無法完全徹底消毒，因為陰莖接近肛門、會陰部，皮膚上的細菌比較多，盡管在手術前、術中、術后會仔細消毒，但是陰莖皮膚相對還是容易感染。另外，小嬰兒因為不會訴說，大小便時容易污染傷口，尤其是大便污染傷口會出現傷口感染。 輕度傷口感染愈合后可出現尿瘺，嚴重則傷口會裂開。所以一旦出現感染，應及時使用抗生素控制感染。此外，部分患兒感染與手術中出血有關，如皮膚下有積血，長時間可導致感染、化膿，影響傷口愈合，即為傷口感染。