絕大多數心肌炎患者經系統治療都可得到痊愈，極少數患者在心肌炎急性期可能因為惡性心律失常、心源性休克而造成死亡。急性期部分患者經過數周或數月治療后，癥狀可趨于穩定，但都會遺留心臟擴大、心電圖表現異常、心功能下降等相關臨床癥狀。 這種癥狀可能持續很長時間，主要因心肌炎急性期后造成心肌瘢痕引起。還有部分急性患者恢復過程中轉變為慢性心肌炎，數年后可造成心臟逐漸擴大，心功能逐漸下降，出現惡性心律失常等其它并發癥致死。