復方胃蛋白酶散建議餐后服用，餐前服用可能會導致急性胃黏膜損傷，甚至誘發消化性潰瘍。復方胃蛋白酶常用于消化功能不良、萎縮性胃炎的患者，臨床中治療萎縮性胃炎比較有效果的藥物為胃復春、養胃顆粒等。目前導致急性胃黏膜損傷，或消化性潰瘍的主要原因為幽門螺桿菌、黏膜屏障功能受損、胃蛋白酶分泌過多等。其中幽門螺桿菌依然為導致胃炎、胃黏膜損傷、胃癌的主要因子，因此將其根除治療至關重要，應進行規范治療，否則可能會導致幽門螺桿菌耐藥，造成難治性的幽門螺桿菌。