腎囊腫對于人體的影響更多在于其占據了腎實質的位置，壓迫腎實質影響腎功能的角度。如果腎囊腫在腎里，尤其在腎實質里，一般隨著囊腫增大會壓迫周圍的腎實質，導致局部的腎實質缺血，最終影響腎臟的功能。有些特殊的囊腫對人體的影響更為巨大，比如囊性腎癌。盡管囊腫里是一包水，但是囊腫壁的本身也可能會長腫瘤。如果囊腫壁比較厚，里面有軟組織成分，而這些組織又恰恰是惡性的，本身就會對人體有更大的危害。如果其是惡性的，就叫做囊性腎癌。如果不對其進行干預，隨著腫瘤的長大還可以出現轉移、局部侵犯的情況，甚至于會影響人體的壽命。