A群流腦疫苗免費和自費之間的區別，在于自費的疫苗如果是A群流腦疫苗，除了對A群腦膜炎球菌有效，對C群、W群和Y群流腦都有預防作用。腦膜炎球菌本身有A、B、C、W、X、Y，6個亞型，一般常見的容易引發腦膜炎球菌感染的亞型是A型，所以一般在常規接種時使用A群流腦疫苗，對孩子可以有預防作用。如果是自費疫苗，除了A群之外，還增加C群、W群和Y群，一共是4種菌群，都可以有預防作用。其費用會不同，如果是流腦流行并不是很嚴重的地區，單純A群流腦疫苗接種即可。但是對于可能到流腦流行地區，或者經濟條件允許時，可以選擇自費疫苗，可以防御的范圍相對更廣。