在月經已經結束時出現褐色分泌物，常見原因如下：1、黃體功能萎縮不全：正常情況下女性卵巢有周期性排卵功能，以及周期性雌孕激素水平分泌。在月經剛結束或未完全結束時，屬于卵泡在生長發育階段，此時雌激素水平升高促進子宮內膜恢復，使月經明顯停止、子宮內膜不斷增厚，進而在排卵后將會有卵巢黃體形成。卵巢黃體能夠分泌雌激素和孕激素，雌孕激素能使增殖期的子宮內膜，逐漸轉變為分泌期。如果沒有受孕，卵巢黃體的功能維持14天，會出現自然的萎縮，雌孕激素水平驟然下降有子宮內膜的剝脫出血，即月經來潮。所以周而復始的卵巢排卵以及雌孕激素水平的分泌，就能夠周而復始使子宮內膜處于增殖期、分泌期和剝脫改變。但如果部分患者黃體功能出現萎縮不全、黃體功能下降將會導致整個月經期，甚至月經即將結束時，受到孕激素水平影響，患者可出現經后淋漓不盡的褐色分泌物；2、炎癥、器質性病變：包括子宮內膜、宮頸息肉，或子宮內膜、宮頸的癌前病變或癌變，部分患者與子宮黏膜下肌瘤、腺肌癥、腺肌瘤等有關。