丙戊酸鈉的不良反應如震顫、惡心，這些發生率都在10%以上。此外患者可能會有出現貧血、血小板減少、體重增加，這對于青春期女性可能尤為常見，若出現經期異常、體重顯著增加，應評估一下是否與丙戊酸鈉相關。因為丙戊酸鈉藥物除了口服外，也可靜脈注射使用，靜脈注射之后可能會發生錐體外系障礙，或出現昏迷、嗜睡、記憶力障礙、頭痛、眼球震顫、頭暈等。此外還會出現牙齦異常如牙齦增生、上腹痛、腹瀉等，在臨床上常見的一類不良反應，即發生率在1%-10%，有脫發、低鈉血癥。鈉低了之后，可能會覺得全身無力，嚴重低鈉會出現抽搐。還有部分患者會有出血風險，因為本身血小板減少，所以出血風險也會增大，出現肝功能損害。對于小于兩歲的兒童應尤為注意，肝功能損害有時會很嚴重。該藥作為情緒穩定劑，有患者因為用藥反而出現意識錯亂、幻覺、攻擊行為等。該藥常見的不良反應包括震顫、脫發、低鈉血癥、血小板減少、自發性出血等。所以在長期使用丙戊酸鈉時，一定要定期監測患者的血常規，看血小板、白細胞有無下降，還應關注患者的肝功能有無異常，以及電解質有無出現紊亂等情況。