新生兒腸絞痛原因，目前不明確。最早觀察孩子持續劇烈哭鬧的醫生把孩子這種表現稱為腸絞痛，發作時主要表現哭鬧，并有蜷腿蹬腿表現，因此醫生推測孩子是因腹痛導致哭鬧。但實際孩哭鬧表現是不是胃腸道原因導致，并不確定。其它比如可能牛奶蛋白過敏，對母乳過敏或乳糖不耐受。另外外界環境溫度影響，比如過冷或過熱，都可能導致腸蠕動增加，神經發育不成熟等因素，都可能使孩子出現腸絞痛。 但目前沒有特別明確證據證明上述因素和腸絞痛間有必然聯系，可能單一因素，也可能是混合因素。如果出現上述表現，需注意觀察和確認，有無上述可疑誘因存在。比如孩子同時腹瀉、腸鳴音明顯和大便有泡沫等表現，就需警惕孩子是否存在乳糖不耐受可能，也是引起腸絞痛最常見誘因之一。這時可針對性做相關病史追問和檢查，及必要實驗室檢查，有助于病因判斷。