舌下囊腫首選手術治療，即將囊腫以及相關腺體一并摘除，基本可達根治效果，可有效預防復發。如果患者不愿選擇手術治療，亦可嘗試保守治療方法，囊腔內注射碘酊以破壞囊腫上皮細胞，阻止黏液分泌，以達到治療效果。 舌下囊腫如果不治是不會自愈的。有的時候我們將囊腫咬破，黏液流出來后，囊腫可有一定縮小，但通常一段時間后會逐漸復發。其原因為囊腫被咬破的傷口閉合之后，其分泌的唾液依舊不能排出，導致舌下囊腫反復發作，可能影響進食及說話，所以舌下囊腫最終可能需要治療。