藥物流產會疼痛，疼痛類似于痛經，程度比痛經嚴重。多數情況疼痛可以堅持、耐受。藥流主要作用機理為通過服用藥物誘發子宮收縮、宮口擴張，將宮腔內妊娠組織排出。妊娠組織排出后，疼痛可得到較大緩解，出血亦可立即減少。如今人工流產可麻醉，相比以前沒有麻醉的情況，藥流的疼痛程度可比人工流產輕，但藥流存在10%的失敗率，所以不提倡藥物流產。