扁桃體摘除基本沒有危害。目前扁桃體切除術常采用微創手術，即低溫等離子扁桃體切除術，較傳統手術的危害已大大降低。因為傳統手術只是切，沒有凝的功能，所以出血率較高。而低溫等離子在切的過程中就可以對出血點進行封閉、止血。因此，無論對兒童還是對成人，現在扁桃體切除術的舒適度以及術后的出血率都有較大改善。 扁桃體切除有一定指征，如扁桃體肥大影響呼吸，或者扁桃體反復發炎引起心肌炎、腎炎，出現扁桃體結石、扁桃體膿栓，引起了口臭，或者有扁桃體良惡性腫瘤，此時切除扁桃體利大于弊。