食管癌手術后病人在短期內有一段時間經常會出現咳嗽，一般常見的原因是麻醉刺激。因為手術時間較長，而現在都是吸入性麻醉，是全麻的插管，對氣管是一種損傷，所以會造成病人的刺激性咳嗽。 此外，患者可能存在肺部炎癥，肺部炎癥也是造成病人術后咳嗽的原因。還有的病人可能會出現長期咳嗽，而這類病人往往有反流的情況。胃液是酸性的液體，切除食管后吻合口并沒有開閉的功能。正常情況下胃內存在賁門，賁門只允許東西下行，而不允許東西向上反流。手術將賁門破壞，所以胃液有時會反流到食管，進而反流到咽部，也是造成病人長期出現慢性咳嗽的原因。 現在管狀胃的應用已經降低了胃液反流，但很難保證所有的病人均不出現這種情況。因此需要應用藥物治療，如抗酸藥物。此外，病人需保持一定的體位，并且進食時不能過量，從而達到控制咳嗽的目的。