經食道心臟彩超與胃鏡檢查是兩種不同的檢查手段，需完成不同的檢查目的，每個人的耐受度不同，兩者的難受程度無法比較。經食道心臟彩超，需要經過食管，將心臟彩超的探頭放到心房后，更好地觀察到心臟結構，是一個位置比較特殊的心臟彩超。彩超探頭經食管放到心房后的操作，部分患者將引起不適感，如惡心、嘔吐，和下超聲探頭時導致的異常反應。胃鏡也要經過食管進入到胃，來做胃的相關檢查，這兩項檢查均需要經過口腔，存在吞咽反應。經過口腔下到食管和胃的過程，每個人的感受度不一樣。但是這兩項檢查，必要時均需要完成，對特定疾病的診斷，有診斷價值。