尿道旁腺囊腫的治療首先應盡量疏通尿道旁腺管道，比如最簡單的是熱水坐盆，加上局部按摩，讓局部炎癥消退，促進管道通暢。還需要醫生使用抗生素抗感染治療，甚至需要切開引流或者做尿道旁腺剝除治療。 尿道旁腺囊腫常見于女性，因為女性尿道特別短，而且和旁邊的生殖系統也挨得非常的近，需要更多的防衛機制對抗容易發生的感染。尿道旁腺會分泌很多黏液和殺菌成分，就在尿道口周圍，稱為尿道旁腺。尿道旁腺的囊腫往往由于尿道旁腺的排泄管道的堵塞使尿道旁腺里的分泌物不能很快排出，堆積在里面造成囊腫。