一旦確診真菌性鼻竇炎，通常需要手術治療。鼻內鏡手術整體是從鼻腔進入，外面沒有傷口，屬于微創手術。如果只有單純的真菌性上頜竇炎或真菌性蝶竇炎，只需將上頜竇口或蝶竇口打開，清除內部霉菌組織，可能達到治愈目的，手術相對較小。 同時存在篩竇病變或額竇內部有阻塞，此時全組鼻竇發生真菌感染，需要將全組鼻竇做開放手術。手術相對單純的上頜竇開放或蝶竇開放手術范圍大，因此手術相對較大。