陰莖流黃水，小便的時候疼，是尿路感染比較常見的一些癥狀，可能提示有尿路感染，尤其像男性的尿道炎、淋病、非淋，都可能會出現這種癥狀，需要去醫院找醫生進行檢查。如果流黃膿比較多，除了做尿常規檢查以外，還要做分泌物涂片，看有沒有致病細菌，尤其排除是不是淋病。通過尿常規檢查、分泌物涂片，基本上可以判斷感染的類型。如果明確是尿道炎或泌尿系感染，要以抗生素治療為主，如頭孢類的頭孢地尼、頭孢拉定等，喹諾酮類的氧氟沙星、環丙沙星等，大環內酯類的紅霉素、阿奇霉素，還有像美滿霉素、多西環素、磷霉素等，都可以用來治療泌尿系感染。同時要注意多喝水，多排尿，不要喝酒。服藥療程一般是1-2周，當臨床癥狀消失，尿常規檢查白細胞轉陰，認為已經治愈。如果分泌物涂片發現是淋病，也可以先肌肉注射或者靜脈注射，像羅氏芬(注射用頭孢曲松鈉)、菌必治(頭孢曲松鈉)等抗生素，2-3次可能就能夠很好地控制流膿現象，再口服抗生素。總之出現陰莖流黃水，小便的時候疼的情況，需要去醫院做檢查，根據檢查的結果來選擇合適的治療方案。