植物神經功能紊亂不太好治，但是大部分經過正規治療可以治愈。60%患者通過生活習慣、飲食習慣調整，以及藥物的輔助治療，可以改善或者治愈；30%患者可能通過藥物的長期服用，可以緩解癥狀；只有10%的患者可能反復發作，甚至難治性。一般通過調整生活習慣，即平時盡可能生活規律、飲食規律，白天盡可能不要睡覺，睡覺前4個小時不要做劇烈運動，不要喝興奮、刺激的奶茶、咖啡，及暴飲暴食等，不要看恐怖電影。可以睡覺前喝牛奶、蜂蜜水，泡腳、洗熱水澡，養成良好的睡眠習慣，睡眠不要太晚，不要超過11點睡覺。可以用藥物改善睡眠和情緒，主要是烏靈膠囊、棗仁安神膠囊、谷維素等，都可以改善睡眠質量和睡眠時間，同時還可以改善情緒。如果比較嚴重，可以用安眠藥，包括酒石酸唑吡坦片、佐匹克隆及舒樂安定等藥物，可以改善睡眠。同時給予調節情緒的藥物，一般三環類抑郁藥，還有5-羥色胺再攝取抑制劑，可以改善植物神經功能紊亂的癥狀。通過這些綜合治療，60%-70%患者可以完全治愈，再也不用吃藥，30%患者可能要長期吃藥，只有10%是比較難治性。