腦部核磁共振檢查和CT檢查有以下區別：一、成像原理不同：腦部核磁共振檢查主要是水分子在共振過程中成像，CT檢查是通過X射線密集掃描成像。二、適應癥及優勢不同：1、核磁共振檢查沒有輻射，CT檢查有一定輻射性，部分嬰幼兒或者孕婦可以進行腦部核磁共振檢查；2、CT檢查對于鈣化以及出血的敏感性優于核磁共振檢查，所以懷疑腦出血的時候可以用CT檢查快速診斷；3、核磁共振檢查對出血的不同階段，會表現為不同影像，所以可以顯示動態變化過程，CT檢查不可以；4、身上有磁性或者金屬的患者不可以進行核磁共振檢查，如支架、骨科器械，有一定危險。醫生要根據患者的病情選用合適的檢查，有助于明確診斷，進行治療。