濾泡性結膜炎，應根據不同病因，選用不同的藥物治療，具體如下：1、病毒感染：可使用抗病毒的眼藥，如更昔洛韋眼用凝膠、阿昔洛韋眼藥水，甚至干擾素眼藥水，同時配合抗菌素的眼藥水，如羅紅霉素、左氧氟沙星眼藥水，預防感染。結膜炎患者，結膜下面有大量的淋巴管增殖，充血明顯，大量形成濾泡，患者會有明顯的異物感，因此可能配合使用眼表修復的藥物，緩解刺激癥狀；2、藥物刺激：由于患者使用不恰當的刺激性藥物，亦會導致濾泡性結膜炎的發生。不同的人群，對于藥物的反應不一樣，部分患者對阿托品，甚至富馬酸依利色林等藥物有刺激反應，會引起結膜濾泡大量形成，屬于結膜免疫反應。需要停用藥物，同時應用預防性的抗菌素眼藥水，抗感染治療，緩解癥狀。