非淋球菌性尿道炎的治療，是以抗生素治療為主。非淋球菌性尿道炎是一種性傳播疾病，病原體通常為沙眼衣原體和支原體，所以在治療上面選擇抗生素，主要是針對沙眼衣原體和支原體，推薦使用多西環素、阿奇霉素或者左氧氟沙星，具體用藥劑量或者用藥周期由主治醫生決定。對于沙眼衣原體和支原體感染的患者，要求停止性生活，同時性伴侶也要進行治療。對于反復發作或長期存在癥狀的患者，目前沒有較好的治療方法，如果這些患者過去沒有進行過正規治療，或者治療后和性伴侶發生性關系再次感染，可以按照初始的方案進行治療。如果治療效果還不是特別好，建議查滴蟲，因為有時候滴蟲性陰道炎可以造成非淋球菌性尿道炎，此時用藥應該以甲硝唑等藥物為主。