慢性缺氧的危害累及到各個系統的方方面面，主要是各個主要臟器，包括心臟。慢性缺氧會誘發缺血性心臟病，導致心臟功能低下和心臟擴張，甚至會誘發心衰等嚴重心臟問題，部分病人還會出現各種類型的心律失常。慢性缺氧對大腦的影響尤為顯著，會導致倦怠、記憶力低下、老年癡呆等各種類型的神經系統病變。慢性缺氧對腎臟、肝臟都有顯著的危害，比如會導致腎纖維化、腎功能低下，甚至進展到終末期腎病，需要血液透析，而對肝臟會明顯影響到肝功能，導致各種凝血因子缺乏或轉氨酶升高。因此慢性缺氧對全身各個臟器都有明顯的危害和毒副作用，需要早期予以鑒別診斷。找到慢性缺氧的原因，糾正原因以后，才能夠改善慢性缺氧患者的遠期預后。