糜爛性胃炎應用四聯療法出現拉肚子，通常與藥物不良反應有關，比如應用抗生素治療造成菌群紊亂，會引起拉肚子，以及鉍劑，也會引起輕微拉肚子、大變發黑等癥狀。如果患者拉肚子癥狀較輕，則可以應用益生菌進行治療，如雙歧桿菌、地衣芽孢桿菌等，均可以起到止瀉、調節腸道菌紊亂的作用。嚴重菌群紊亂造成明顯水樣拉肚子，則應停用四聯療法治療，部分患者可能存在耐受不了的問題，應停用藥物的同時，進行止瀉處理。如果患者幽門螺桿菌(HP)感染癥狀比較重，或評估患者胃癌家族史、明確潰瘍、萎縮腸化、異型增生等，則建議患者進行幽門螺桿菌根除治療。HP根除治療時，通常需要進行藥物調整，以及個體化處理，盡量減輕患者不良反應。